Инок, видный деятель керженского старообрядчества. Бежал от преследований из Соловецкого монастыря на Керженец, где в 1676 г. основал свой скит.
Последователи Софонтия образовали поповское софонтиевское согласие.
С именем Софонтия связана легендарная история о самосожжении старшего сына Алексея Михайловича - Михаила. Согласно легенде, Михаил стал отшельником в керженских лесах близ озера Светлояр, куда начали стекаться массы людей, не согласных с правлением малолетнего Федора под опекой Софьи. Легенда связывает восстание Кондратия Булавина с попыткой освободить и возвести на престол Михаила. Преследуемый войсками сначала Софьи, а затем Петра I, Михаил явился к Софонтию с просьбой сдать его солдатам, во избежание кровопролития. После отказа Софонтия и других старцев Михаил совершил самосожжение.
По легенде, именно в вопросе о самосожжении Михаила произошел раскол на два согласия - софонтиевское, одобряющее самосожжение, и онуфриево, осуждающее его.