Костромской крестьянин Юрьевецкого уезда, беглый солдат. Ученик Капитона. Основатель секты христововеров. Местом первоначальной деятельности Филиппова был Муромский уезд Владимирской губернии. В 1645 г. на горе Городине в него якобы вселился Саваоф, спустившись с неба на огненной колеснице.
Филиппов утопил все имевшиеся у него церковные книги в Волге, как ненужные и бесполезные для человека, и объявил, что для спасения человека необходимо соблюдение двенадцати заповедей, которые он получил от самого бога.
Впоследствии Филиппов переехал в деревню Старую, в 25 верстах от Костромы, в дом своего брата Федора, а затем в Кострому, которая с того времени стала в вероучении христововеров "горним Иерусалимом" и "верховной стороной".