Протестант, с 1588 г. реформатский проповедник в Нидерландах. С 1603 г. профессор Лейденского университета. Основал протестантскую секту арминиан.
В период пребывания в Амстердаме в споре между супралапсариями и инфралапсариями начал формирование своей религиозной концепции. Идеи Арминия были близки к пелагианству. Как и пелагианцы, Арминий утверждал, что первородный грех не может иметь принципиального значения для человеческого рода, ибо является личным делом только самого Адама. В 1609 г. в Гааге выступил против кальвинистского толкования учения о безусловном предопределении, утверждая, что оно противоречит понятию о Боге и представляет его виновником греха.