Хронологически первая из сект русского старообрядчества. Основана в 30-е годы XVII в. Капитоном Даниловским.
Еще до официального признания раскола, в 30-х годах XVII в., Капитон предсказал скорое пришествие Антихриста и, проповедуя отказ от официальной церкви, священников и святых таинств, собрал вокруг себя группу приверженцев.
Капитоновцы быстро распространились по территории Вологодского, Костромского, Ярославского и Владимирского уездов, охватив к началу 70-х годов практически всю Центральную Россию.
С 1639 г. капитоновцы подверглись жестоким преследованиям со стороны властей. Капитон был арестован и сослан в Тобольск, откуда бежал в начале 40-х годов.
После казни Капитона в 1666 г. общины капитоновцев возглавил инок Прохор, который скончался в 1667 г. Уничтожение единого руководства привело к взаимодействию капитоновских общин с иными ответвлениями русского раскола, в первую очередь с различными толками поповцев. Постепенно сливаясь с ними, оригинальное учение капитоновцев трансформировалось, обогащая своих союзников чисто "капитонскими" догматами - например, каноничностью самоубийств за веру.
В конце 50-70-х гг. XVII в. внутри капитоновцев начались разногласия относительно каноничности самоубийственных смертей. Единое учение в этот период распалось на два практически идентичных течения, за исключением оценки самоубийств за веру - капитоновцев юхрского и кшарского уставов.
После 1667 г. секта капитоновцев растворилась в многочисленных течениях старообрядцев.