О учреждении было заявлено 13 мая 2000 года в Москве группой епископов (митрополит Стефан (Линицкий), архиепископ Кириак (Темерциди)) и священников «Истинно-Православной (Катакомбной) Церкви».

В своих внутренних документах заявляет: «Апостольская Православная Церковь, имеющая апостольское преемство от Украинской Автокефальной Православной Церкви через митрополита Стефана Линицкого, исповедует веру в Пресвятую Троицу согласно догматам Вселенских Соборов. Сознавая свою греховность и слабость, епископы, священники и миряне Апостольской Православной Церкви уповают, что их сохраняет и сохранит от заблуждений и вражды Сам Господь и Бог и Спаситель Иисус Христос, по молитвам Своей Пречистой Матери и Приснодевы Марии и всех святых.».

До начала 2007 года клириком данной юрисдикции был публицист священник Яков Кротов. Во главе иерархии стоит Виталий (Виталий Юрьевич Кужеватов), митрополит Московский и Всероссийский.
Секретарь Священного Синода АПЦ — Глеб Якунин, стоявший у истоков создания АПЦ.

© Благая Весть.