Родился 6 января 1621г. в Можайске.Происходил из рода можайских дворян Савеловых;
один из предков в конце XV был новгородским посадником.
В 1655 оставил военную службу и принял монашество, вступив в число иноков
Киево-Межигорского монастыря.
В сентябре 1657 стал насельником, а вскоре «строителем» Валдайского Иверского
монастыря.
В 1661 опальный Никон перевёл его на должность «строителя» в свой
Новоиерусалимский монастырь. Вскоре Иоаким стал келарем Новоспасского монастыря.
В 1664, по назначении чудовского архимандрита Павла на кафедру митрополитов
Сарских и Подонских, поставлен архимандритом Чудова монастыря, вследствие чего
стал в близкие сношения ко двору и к самому царю Алексею Михайловичу. Также
сблизился с полковником Артамоном Матвеевым.
В 1672 поставлен в митрополиты новгородские. Ввёл в своей епархии определенную,
единообразную для всех церковную дань, отменил обычай посылать из митрополичьего
приказа для сбора этой дани светских чиновников, которые допускали
злоупотребления, и повелел собирать эту дань поповским старостам.
26 июля 1674 возведён на престол Московских патриархов. Вскоре по восшествии на
первосвятительскую кафедру бросил Алексею Михайловичу прямой вызов: в ноябре
1674 года арестовал и посадил на цепь царского духовника Андрея Савинова; царь
был вынужден, ввиду предъявленных неоспоримых свидетельств против протопопа,
просить Иоакима не передавать дело духовника на суд Освященного Собора.
В начале царствования Феодора Алексеевича был в числе фактических правителей
государства наряду с Иваном Милославским.
В конце апреля 1682 года был во главе совершивших дворцовый переворот, в
результате которого царём был объявлен младший брат покойного Феодора
Алексеевича — царевич Петр Алексеевич.
25 июня 1682 венчал Петра и его старшего сводного брата Иоанна Алексеевича на
царство.
В 1686 исходатайствовал царскую грамоту о неподсудности лиц духовного сана
гражданским властям.
В 1687 установил общую для всех епархий норму церковных даней и пошлин.
Решительно противодействовал планам коронации Царевны Софьи, что породило в
среде её партии план низложения (и даже убийства) Иоакима и возведения на
Патриарший престол Сильвестра Медведева. Во время событий августа 1689
фактически стал на сторону Петра в его противостоянии с Софьей, оставшись с ним
в Троицком монастыре.
После мятежа 1689 года и казни Феодора
Щегловитого Патриарх настоял на высылке из Москвы иезуитов.
В январе 1690 года был созван Собор, который анафематствовал «хлебопоклонническую
ересь», заслушал покаянные исповедания обвинённых в «хлебопоклонной ереси»
Сильвестра Медведева и иерея Саввы Долгого, а также «учительное слово» от лица
Патриарха. Собор осудил на сожжение сочинения Медведева и запретил читать многие
произведения южнорусских учёных, «имеющих единоумие с папою и западным
костелом».
В опровержение учения Иоаким также собирался издать сборник «Остень», содержащий
опровержение латинского мнения о времени пресуществления св. Даров,
составленный, по поручению патриарха Иоакима, Евфимием, монахом Чудова
монастыря; но смерть Патриарха 17 марта 1690, помешала этому предприятию.
Похоронен в Успенском соборе