Входит в состав Древне-Восточных Церквей. По преданию, восходит к общинам, основанным в Индии ап. Фомой на т.н. Малабарском берегу.
В V в. организационно принадлежала к несторианскому Патриархату "Селевкия-Ктесифон", влияние которого в Аравии и Северной Индии было доминирующим. Тем не менее "христиане ап. Фомы" не стали несторианами.
После разгрома Северной Индии Тамерланом в конце XIVв., Малабарское побережье было открыто португальцами (1489 г. Васко-да-Гама) и началась принудительная латинизация (Соб. в Диампере, 1599). Это привело к расколу 1653 г., когда наибольшая часть Малабарских христиан отделилась от навязанной им испанцами унии и присоединилась к Сиро-Яковитской Церкви, которая доминировала на севере (1665). Эта объединенная Церковь носит теперь название Сирийская Православная Церковь Индии.