Основана на территории Чехии (в Моравии) в 863 г. трудом святых равноапостольных Кирилла и Мефодия. После смерти Солунских братьев инициатива перешла к сторонникам латинского обряда. Православие удержалось только в пределах Мукачевской епархии, но в 1649 г. и эта епархия вошла в унию с Католической Церковью. Только в 1920 г. благодаря сербской инициативе в Карпатах снова возникли православные приходы Сербской юрисдикции.
После Второй мировой войны они обратились за помощью к Московской Патриархии и были организованы
сначала в экзархат, а с 1951 г, - в Автокефальную Чехословацкую Православную Церковь.
В связи с прогнозируемым распадом Чешской и Словацкой Федеративной
Республики Поместный Собор Чехословацкой Православной Церкви,
состоявшийся 11—12 декабря в Прешове, высказался за сохранение единой
автокефальной Церкви, распространяющей свою юрисдикцию на территории
Чехии и Словакии. Однако по политическим причинам было принято решение о
переименовании Церкви в Православную Церковь в Чешских землях и
Словакии.
С 2006 года предстоятелем Церкви является Митрополит Чешских земель и
Словакии Христофор.
Входит в состав Церквей Вселенского православия.