Основана в конце IX в. С 1219 г. - автокефалия. С 1346 г. - первый (т.н. Печский) Патриархат.
В XIV в. попала под иго турок и в церковную зависимость от Константинопольского патриархата.
В 1557 г. обрела независимость, но через два века снова оказалась в подчинении у Константинополя. Только в 1879 г. вновь стала автокефальной.
На территории соседней Македонии христианство известно ещё со времён ап. Павла.
С IV по VI в. Македонская Церковь попеременно зависела то от Рима, то от
Константинополя. В конце IX — нач. XI в. имела статус автокефалии — Охридска
архиепископия-патриархия (Охридская патриархия; Архиепископия охридская Первого
Юстиниана и вся Болгарий) с центром в Охриде и, возможно, участвовала в Крещении
Руси.
В 1919 г. произошло объединение Македонской, Сербской, Черногорской церквей и т.н. Буковинской Митрополии в единую Сербскую Церковь. С 1920 г, восстановлен Сербский Патриархат.
Фашистская оккупация и последующий социалистический период нанесли Сербской Церкви значительный урон. Обострились националистические тенденции. В 1967 г. Македония отъединилась в самочинную
автокефалию.
Предстоятель Церкви с 1 декабря 1990 года — Патриарх Павел. В ноябре
2007 года Патриарх был госпитализирован. 16 мая 2008 года, согласно
сообщениям, принял решение уйти на покой; все права и обязанности
Патриарха временно перешли Священному Синоду во главе с митрополитом
Черногорско-Приморским Амфилохием.
Входит в состав Церквей Вселенского православия.