Основана в 966 г, при князе Мешко I.
После разделения Церквей православные доминировали, в основном, в восточных областях, где в 1235 г. учредили епископскую кафедру в городе Холм (позже - в Перемышле). В 1385 г. князь Ягайло объявил свое государство католическим, что послужило причиной перехода православных в католицизм. В 1596 г. православные еппископы во главе с митрополитом Киевским Михаилом (Рогозой) приняли на Брестском Соборе юрисдикцию Папы Римского. Эта т.н. Брестская уния длилась до 1875 г., когда, после раздела Польши, была восстановлена православная Холмская епархия.
С 1918 года, после обретения Польшей независимости, среди значительной части
православного духовенства Польши, находившегося в юрисдикции Российской Церкви,
стали преобладать автокефалистские настроения. Священный Синод Русской Церкви в
сентябре 1921 года назначил на Варшавскую кафедру бывшего Минского архиепископа
Георгия (Ярошевского), который в январе следующего года был возведён в сан
митрополита; Церкви в Польше было одновременно предоставлено право автономии.
После убийства митрополита Георгия 8 февраля 1923 года и избрания 27 февраля
собором епископов Польши на кафедру Варшавской митрополии Дионисия (Валединского),
Константинопольский Патриарх Григорий VII, без согласования с Московским
Патриархатом (Московский Патриарх Тихон находился тогда под арестом), утвердил
его избрание 13 марта, признав за митрополитом Дионисием титул Митрополита
Варшавского и Волынского и всей Православной Церкви в Польше и
священно-архимандрита Почаевской Успенской лавры, а 13 ноября 1924 года подписал
Патриарший и Синодальный Томос о признании Православной Церкви в Польше
автокефальной. Автокефалия была признана прочими поместными Церквами, кроме
Московского Патриархата, который был вынужден разорвать общение с митрополитом
Дионисием и епископатом Польши.
Первым предстоятелем автокефальной Польской Церкви был митрополит Дионисий (Валединский)
(польск. Dionizy Waledyński) (1923—1948).
В течение двух летних месяцев 1938 года, в рамках политики полонизации, которая
проводилась в Польше в 1938—1939 годах, было разрушено 127 православных храмов,
треть всех церквей существовавших на юго-востоке Польши.
После установления в Польше коммунистического просоветского режима митрополит
Дионисий 22 августа 1948 года обратился с покаянным письмом к Патриарху
Московскому Алексию с просьбой о том, чтобы его приняли в каноническое общение с
Русской Матерью-Церковью. Священный Синод Московского Патриархата удовлетворил
просьбу митрополита Дионисия и принял его в сане митрополита в молитвенное
общение, при этом лишив его титула Блаженнейший и не признав его главой Польской
Церкви. На том же заседании Священного Синода в общение был принят весь польский
епископат, а Польская Церковь была провозглашена автокефальной. Отныне её
предстоятель получил титул Митрополит Варшавский и всея Польши. С 1949 по 1952
года Польская Церковь имела три, а с 1952 года — четыре епархии:
Варшавско-Бельскую, Белостокско-Гданьскую, Лодзинско-Познанскую и
Вроцлавско-Щецинскую. В 1983 году была восстановлена Перемышльско-Новосондетская
епархия, а в 1989 году — Люблинско-Холмская.
Входит в состав Церквей Вселенского православия.