По преданию, основана апостолом Варнавой в 47 г.
Первоначально - епархия Антиохийской Церкви. С 431 г. - автокефальная архиепископия.
В VI в. попала под арабское иго, от которого освободилась только в 965 г. Однако в 1091 г. остров Кипр был захвачен крестоносцами, с 1489 по 1571 г. принадлежал Венеции, с 1571 - туркам, с 1878 г. -англичанам. Только в 1960 г. Кипр добился независимости и провозгласил себя республикой.
Турецкое вторжение 20 июля 1974 г. и последующая турецкая оккупация 35%
территории острова вызвало массовый отток христианского населения с
оккупированной части острова; 20 тысяч первоначально оставшихся подверглись
преследованиям. В натоящее время на оккупированной части острова остаётся лишь
несколько сотен греков и маронитов.
В оккупированной части острова произошли серьёзные разрушения христианских
храмов и памятников. Всего в оккупированной части острова находится 514 храмов,
часовен и монастырей, большая часть которых обращена в мечети, музеи или
находится в запустении.
Ныне Кипрская Церковь состоит из одной архиепископии и пяти митрополий, имеет
более 500 храмов и 9 монастырей.
Предстоятель с 5 ноября 2006 — архиепископ Хризостом II, избранный после того,
как специальный «Совет старейшин» под председательством вселенского Патриарха
Варфоломея в мае 2006 рекомендовал «почётное увольнение» его предшественника
Хризостома I.
Высший орган власти — Святой Синод, состоящий из Предстоятеля (глава Синода),
епископов Пафоса, Китиона (Ларнаки), Кирении, Лимассола, Морфу, а также викарных
архиереев как постоянных членов. Епископии Кирении и Морфу пребывают временно в
Никосии ввиду турецкой оккупации северной части государства.
По сообщениям СМИ, Кипрская Православная Церковь участвует в развитии
туристического бизнеса в стране.
Входит в состав Церквей Вселенского православия.