Основана, по преданию, в I веке апостолом Андреем Первозванным.
В 302 году в Армении Григорий Просветитель рукоположил митрополитом Грузии
грузина по имени Ибир-б-з-хуа, который был сведущ в церковных книгах, был
диаконом и прибыл со святителем из Севастии и отправил его в Грузию вместе с
царем Грузии, которого пригласил обращенный в христианство царь Армении Тирдат
III.
В 317 году трудами святой равноапостольной Нины (+ ок. 335)
христианство стало
государственной религией Грузии. Церковная организация находилась в пределах Антиохийской Церкви.
В 451 году, вместе с Армянской церковью, не приняла решений Халкидонского собора
и в 467 году при царе Вахтанге I стала независимой от Антиохии, с 487 г. -
автокефальная Церковь с центром в Мцхете (резиденция верховного Католикоса). В
607 году Церковь приняла решения Халкидона, порвав с армянами.
При Сассанидах (VI—VII вв.) выдержала борьбу с персидскими огнепоклонниками, а в
период турецких завоеваний (XVI—XVIII вв.) — с исламом. Эта изнурительная борьба
привела к упадку грузинского Православия.
В 1801 году Грузия вошла в состав Российской империи. В 1811 году, в Восточной
Грузии вместо 13 епархий учреждалось 2: Мцхетско-Карталинская и
Алавердско-Кахетинская. 21 июня 1811 года Святейший Синод снял сан
Католикоса-Патриарха с Антония II (Теймураза Багратиони; † 21 декабря 1827
года).
С 30 июня 1811 года до 10 июля 1917 года Грузинская Церковь имела статус
Грузинского экзархата Российской Церкви; звание Католикоса было упразднено.
Первым экзархом 8 июля 1811 года стал Варлаам Эристави (князь Эристов) (30
августа 1814 — 14 мая 1817; 20 марта 1825 года назначен управляющим Даниловым
монастырём; † 18 декабря 1830). К концу 1810-х был упразднён также и Абхазский
(Западногрузинский) католикосат.
Впоследствии экзархи назначались из епископов-негрузин, что нередко приводило к
трениям с местным духовенством и эксцессам.
12 марта 1917 на Мцхетском Соборе была провозглашена автокефалия Грузинской
Церкви; блюстителем престола Католикоса был избран епископ Гурийско-Мингрельский
Леонид (Окропидзе). Последний 13 марта уведомил Экзарха Грузии архиепископа
Карталинского-Кахетинского Платона (Рождественского) о его смещении с кафедры,
чего тот не признал.
27 марта 1917 года Временное правительство признало автокефалию Грузинской
Церкви в принципе. 10 июля 1917 года совместное заседание Временного
правительства и Синода постановило учредить Кавказский экзархат для
добровольного вхождения в него русских приходов Тифлисской, Елизаветпольской,
Бакинской, Эриванской, Кутаисской, Черноморской губерний и Карской, Батумской
областей, Артвинского, Закатальского и Сухумского округов. Епископом в Тифлисе
был назначен Феофилакт (Клементьев), вскоре удалённый грузинскими архиереями из
Грузии.
Патриарх Тихон своим посланием от 29 декабря 1917 года к Католикосу Кириону III
(Садзаглишвили), избранному на Соборе в сентябре 1917 года, осудил самочинный
характер восстановления автокефалии. Общение между Московским Патриархатом и
Грузинской Церковью было прервано; официально восстановлено Определением
Священного Синода РПЦ от 19 ноября 1943 года.
В 1997 Грузинская Православная
Церковь вышла из Всемирного совета церквей.
Предстоятель с 23 декабря 1977 — Его Святейшество и Блаженство
Католикос-Патриарх всея Грузии, Архиепископ Мцхетский и Тбилисский Илия II.
Церковь состоит из 35-и епархий, объединяющих около 300 общин; Абхазская епархия
после 1992 года де-факто не входит в состав Грузинской Церкви. Также существует
каноническая неурегулированность в Южной Осетии, где, по утверждению Католикоса
Илии II, «присутствуют представители Русской зарубежной церкви»
Входит в состав Церквей Вселенского православия.