Автономная православная церковь в юрисдикции Константинопольской Православной
Церкви. Сосуществует параллельно с самоуправляемой
Эстонской Православной Церковью Московского Патриархата, который оспаривает
каноническую законность действий Константинопольского Патриархата на территории
Эстонии.
С 13 марта 1999 года предстоятель ЭАПЦ — митрополит Таллина и всей Эстонии
Стефан, родившийся в Бельгийском Конго (ныне — Демократическая Республика Конго,
ранее Заир), бывший епископ Назианзинский, викарий Галльской митрополии.
Входит в состав Церквей Вселенского православия.