Сухумо-Абхазская епархия

Де-факто самопровозглашённая административно независимая структура, с 1993 года находящаяся под управлением иерея Виссариона Аплиаа

Количество приходов — 15, монастырей — 2 (2006): св.ап. Симона Кананита на Новом Афоне и свт. Иоанна Златоуста в с. Команы (на месте погребения святителя), в 15 км к северу от Сухума.
После войны 1992—1993 в Абхазии осталось всего 4 священника: 3 русских: протоиерей Петр Самсонов, иеромонах Павел Харченко и игумен Виталий Голубь, и один абхаз — Виссарион Аплиаа, учащийся ныне в Санкт-Петербургской Духовной Семинарии. Богослужения совершаются на абхазском, церковно-славянском и греческом языках. В Гальском р-не Епархии, функционирует приход в храме вмч. георгия Победоносца. Настоятель — иерей Матфей Тужба свершает богослужения на абхазском, церковно-славянском и грузинском языках. Проповедь читает на мегрельском диалекте.
После того как митрополит Даниил (Датуашвили), епископ Грузинской Церкви, покинул епархию, Виссарион Аплиаа занял место настоятеля Сухумского кафедрального собора, объявил себя Управляющим епархией и попытался наладить отношения с Москвой, несколько раз встречался с Патриархом Алексием II.
В 1998 был создан Епархиальный Совет Сухумо-Абхазской епархии. На первом заседании Совета в том же году, был принят Устав Епархии и избран управляющий Епархиальным Советом Сухумо-Абхазской епархии священник Виссарион Аплиаа.
В мае 2005 года при посредничестве Преосвященного Пантелеимона состоялись переговоры Виссариона и духовенства монастырей на Новом Афоне и в Команах, в адыгейской столице Майкопе. В результате было принято решение о совместном управлении епархией. Иерей Виссарион и иеромонах Андрей были объявлены равными сопредседателями епархиального совета, а окончательное разрешение проблем планировалось решить на церковном соборе. Из-за несогласий с иереем Виссарионом в январе 2007 года иеромонаху Дорофею (Дбар) пришлось отправиться на учебу в Фессалоникийским университет, оставив настоятельство в монастыре свт. Иоанна Златоуста в Команах и ректорство в Новоафонском училище. При последующем настоятеле, назначенном иереем Виссарионом, иеромонахе Григории (Хоркине) монастырь пришел в запустение, в 2007 году закрылось Новоафонское Духовное училище и Регентская школа. Во избежание дальнейших конфронтаций, иеромонах Андрей (Ампар) отказался от должности сопредседателя совета. В марте 2007 года был принят новый устав епархии, дающий неограниченную власть иерею Виссариону Аплиаа в делах управления. В июле 2009 г. на заседании Епархиального собрания, по предложению о. Виссариона Аплиаа, секретарем Сухумо-Абхазской Епархии избран иеромонах Андрей (Ампар.
С 12 августа 2008 года, по установлении абхазского управления в верховьях Кодора, под управлением Абхазской епархии оказался сванский монастырь Святого Георгия в селе Ажара. 5 сентября 2008 года управляющий епархией священник Виссарион Аплиа заявил, что Абхазская церковь желает быть самоуправляемой в составе Русской православной церкви Московского Патриархата